روش های زیادی برای انجام اوزون تراپی وجود دارد که بهترین آن برای فرد در نظر گرفته خواهد شد:
مستقیم به بافت: در صورتی که هدف از انجام اوزون تراپی، درمان زخم باشد، گاز اوزون مستقیما به بافت ناحیه هدف تزریق می شود.
داخل وریدی: در درمان اختلالات داخلی مانند ایدز، گاز اکسیژن در خون حل می شود و به همین خاطر، اکسیژن با خون فرد ترکیب و به صورت داخل وریدی به فرد تزریق خواهد شد.
عضلانی: اوزون تراپی معمولا به صورت عضلانی تزریق می شود. به این صورت که ابتدا گاز اوزون با خون و یا آب استریل ترکیب و سپس تزریق انجام می شود.